Năm Nguyên Gia thứ 30 (453), ngày 16 tháng 3, Hoàng thái tử Lưu Thiệu tiến hành chính biến, sát hại Văn Đế Lưu Nghĩa Long, rồi tự xưng là hoàng đế. Vũ Lăng vương Lưu Tuấn dưới sự phụ tá của Thẩm Khánh Chi đã khởi binh thảo phạt Lưu Thiệu. Ngày 20 tháng 5 cùng năm, Lưu Tuấn tức hoàng đế vị, trở thành Lưu Tống Hiếu Vũ Đế. Đến ngày 27 tháng 5, Lưu Tuấn công hạ kinh thành, bắt giữ trưởng huynh Lưu Thiệu và nhị huynh Lưu Tuân (劉濬).

Trong chiến dịch trên, Vương vương phi vẫn ở lại chí tuyến phòng thủ ở Tầm Dương (尋陽, nay thuộc Cửu Giang, Giang Tây) của Giang Châu mà không theo ông tấn công Kiến Khang. Thắng lợi khải hoàng, Hiếu Vũ Đế chào đón mẹ và Vương phi Vương Hiến Nguyên đến kinh thành, phong cho mẹ là Thái hậu và phong Vương phi là Hoàng hậu. Hiếu Vũ Đế cũng lập con trai cả Lưu Tử Nghiệp làm Thái tử.

Không có nhiều ghi chép về hoạt động của bà trong giai đoạn Hoàng hậu. Tuy nhiên, Hiếu Vũ Đế Lưu Tuấn có số lượng lớn các phi tần. Ông được thuật lại là đã có mối quan hệ loạn luân với tất cả những người con gái của Nam Tiếu vương Lưu Nghĩa Tuyên (劉義宣) khi còn ở tại Kiến Khang (tức giữa anh và em họ), điều này đã khiến Lưu Nghĩa Tuyên giận dữ. Theo Bắc sử chép rằng, Hiếu Vũ Đế có thiên tính háo sắc, không kiêng kỵ thân thuộc trong việc lâm hạnh, bị nghi ngờ loạn luân với cả mẫu hậu Lộ Huệ Nam, lưu truyền hậu thế.

Trong tình thế đó, Vương hoàng hậu dần bị thất sủng. Thậm chí, Hiếu Vũ Đế từng có ý định thay đổi ngôi Thái tử của con trai bà là Lưu Tử Nghiệp và Tân An vương Lưu Tử Loan (劉子鸞), con trai Ân thục nghi.

Năm Đại Minh thứ 4 (460), Vương hoàng hậu chủ trì nghi lễ cho tằm tơ ăn lá dâu, nghi lễ có sự tham dự của cả hoàng tộc